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高原鼢鼠(Eospalax baileyi) DNA条形码筛选

王缠 潘永泰 王静 刘发央 姚宝辉 苏军虎

引用本文: 王缠,潘永泰,王静,刘发央,姚宝辉,苏军虎. 高原鼢鼠() DNA条形码筛选. 欢乐牛牛, 2020, 37(12): 1-10 doi: shu
Citation:  WANG C, PAN Y T, WANG J, LIU F Y, YAO B H, SU J H. Selection of plateau zokor ( ) DNA barcodes. Pratacultural Science, 2020, 37(12): 1-10 doi: shu

高原鼢鼠(Eospalax baileyi) DNA条形码筛选

    作者简介: 王缠(1992-),男,甘肃西和人,在读硕士生,主要从事草地生态与啮齿动物防控研究。E-mail: ;
    通讯作者: 苏军虎, .cn
  • 基金项目:亚博滚球 甘肃省教育厅科研项目(2015A-205);陇原青年创新创业人才项目(LQ20180916-2);甘肃农业大学“伏羲杰出人才”培育项目(Gaufx-02J03)

摘要: 高原鼢鼠(Eospalax baileyi)是青藏高原特有的啮齿类动物,具有重要的生态和经济功能。为筛选出可用于鉴定高原鼢鼠的DNA条形码,本研究采用PCR直接测序的方法测定了鼢鼠亚科高原鼢鼠4个近缘种线粒体全基因组序列,并结合GenBank中其他鼢鼠的相关序列,运用Clustal X 1.83、MEGA 5.0和Dna SP 5.0等生物信息学软件,进行了遗传距离测定和系统进化树构建等分析。结果发现,从序列的扩增成功率与已有序列信息来看,鼢鼠亚科动物线粒体基因组中10个基因序列可供选择,其序列相似性在30.07%~98.31%;遗传距离频率分布表明Cyt b、ND4和COX1种内遗传距离小于种间遗传距离,系统进化树中检测发现基于Cyt b和ND4基因序列能将地理种群区分开来,并符合传统分类,综合分析发现Cyt b和ND4基因适合作为鉴定高原鼢鼠的DNA条形码。

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    图 1  高原鼢鼠DNA候选条形码12S rRNA、ND4、COX1和Cyt b亚博滚球基因的种内及种间遗传距离频率分布

    Figure 1.  Frequency distribution comparison of the intraspecific and interspecific genetic distances of 12S rRNA, ND4 , COX1 (c), and Cyt b亚博滚球 (d), which are candidate DNA barcodes for zokors

    图 2  采用ND4序列构建ML系统树

    Figure 2.  Maximum likelihood phylogenetic tree constructed using ND4 sequences

    图 3  采用Cyt b序列构建最大似然系统树

    Figure 3.  Maximum likelihood phylogenetic tree constructed using Cyt b sequences

    表 1  8个物种各片段基因GenBank登录号

    Table 1.  GenBank accession numbers for the gene fragments of eight species

    种名 SpeciesGenBank 登录号 GenBank accession number
    > 12S rRNA > 16S rRNA
    罗氏鼢鼠 M. rothschildi AF326247 AF326246 NC_018535
    秦岭鼢鼠 M. rufescens GU339032 GU339031 AF326248 ×
    高原鼢鼠 M. baileyi GU361615 GU361614 GU361613 EF522003 EF522001
    甘肃鼢鼠 M. cansus EF521980 EF521979 EF521978 EF521977 EF521961 ×
    斯氏鼢鼠 M. smithii GU339030 GU339029 GU339028 GU339027 EF522006 KC860472
    中华鼢鼠 M. fontanierii AF326245 AF326244 ×
    东北鼢鼠 M. psilurus AF326250 AF326249
    草原鼢鼠 M. aspalax AF326251 AF326252
    种名 Species > COX1 > COX2
    罗氏鼢鼠 M. rothschildi
    秦岭鼢鼠 M. rufescens × ×
    高原鼢鼠 M. baileyi KJ470953 KJ470952 KJ470951 KJ470950 KJ470949 KJ470938
    甘肃鼢鼠 M. cansus KC709675 KC709674 KC709673 JX962150 JX962149 ×
    斯氏鼢鼠 M. smithii × ×
    中华鼢鼠 M. fontanierii KC861425 KC861424 ×
    东北鼢鼠 M. psilurus
    草原鼢鼠 M. aspalax
    种名 Species > ATP8 > ATP6 > COX3 > ND3 > ND4L > ND4 > ND5 > ND6 > ND1 > ND2
    罗氏鼢鼠 M. rothschildi
    秦岭鼢鼠 M. rufescens × × × × × × × × × ×
    高原鼢鼠 M. baileyi
    甘肃鼢鼠 M. cansus
    斯氏鼢鼠 M. smithii × × × × × × × × × ×
    中华鼢鼠 M. fontanierii × × × × × × × × × ×
    东北鼢鼠 M. psilurus
    草原鼢鼠 M. aspalax
     “√”表示在 NCBI中仅有全基因组 GenBank号( M. rothschildi: NC018535; M. baileyi: NC018098;M. aspalax: KP724691;M. psilurus: NC_026034; M. cansus: NC_021129);“ × ”表示在 NCBI中尚无该基因的 GenBank号。
     "√" indicates that there is a GenBank number ( M. rothschildi: NC018535; M. baileyi: NC018098; M. aspalax: KP724691; M. psilurus: NC_026034; M. cansus: NC_021129); " × " indicates that there is no GenBank number for the gene.
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    表 2  每个片段包含的基因种类及对应长度

    Table 2.  亚博滚球 Gene type and length of each fragment

    片段
    Fragment
    片段范围
    Fragment range/bp
    实际长度
    Physical length/bp
    实际范围
    Actual range/bp
    基因长度
    Gene size/bp
    对应基因
    Gene
    理论位置
    Theory position
    理论长度
    Length
    1 117~945 828 117~945 828 12S rRNA 68~1 019 951
    2 957~1 978 1 021 957~1 086 129 12S rRNA 1 086~2 648 1 598
    1 087~1 978 891 16S rRNA
    3 1 961~3 127 1 156 1 961~2 648 687 16S rRNA 2 726~3 680 954
    2 649~3 127 478 ND1
    4 3 150~4232 1 053 3 150~3 680 530 ND1 3 891~4 932 1 041
    3 681~4 239 558 ND2
    5 4 333~5 378 1 054 4 333~4 932 559 ND2
    6 5 599~6 157 558 5 599~6 157 558 COX1 5 318~6 862 1 544
    7 6 221~7 308 1 087 6 221~6 862 641 COX1
    7 001~7 308 307 COX2 7 001~7 684 683
    8 7 364~8 577 1 213 7 364~7 684 320 COX2
    7 753~7 956 203 ATP8 7 753~7 956 230
    7 914~8 577 663 ATP6 7 753~7 956 680
    9 8 558~9 403 845 8 558~9 377 819 COX3 8 594~9 377 783
    10 10 624~11 583 959 10 624~11 533 909 ND4 10 156~11 533 1 377
    11 11 628~12 476 848 11 731~12 476 745 ND5 11 731~13 569 1 838
    12 12 225~12 975 750 12 225~12 975 750 ND5
    13 13 644~14 549 905 13 644~14 068 424 ND6 13 544~14 068 524
    14 14 142~14 549 407 Cyt b 14 142~15 285 1 143
    15 15 364~16 404 1 050 15 419~16 351 D-loop 15 419~16 351 932
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    表 3  亚博滚球 10个基因序列相似度

    Table 3.  Similarity of ten gene sequences

    基因名称 Gene name序列长度 Sequence length/bp对比总位点数 Alignment identity/bp相同位点数 Same identity/bp序列相似度 Sequence similarity/%
    ND21 04131320830.07
    ND51 83887723547.71
    COX268334811350.95
    D-loop9325045754.08
    COX11 54488122857.06
    ND41 37793267767.68
    12S rRNA95178365182.33
    Cyt b1 1431 04363091.25
    ND195491166995.49
    16S rRNA1 5981 5711 33798.31
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  • 通讯作者:  苏军虎, .cn
  • 收稿日期:  2019-02-17
  • 网络出版日期:  2019-11-10
通讯作者: 陈斌,
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